Het verschil met de Moerdijkregeling is de manier waarop de waarde wordt getaxeerd. Bij de Moerdijkregeling wordt de waarde bepaald door de historische (WOZ) waarde. Bij het Koopinstrument wordt de waarde bepaald door een taxatie. Daarnaast koopt de NCG uw woning niet, maar de Stichting Woonbedrijf Aardbevingsgebied Groningen.